1937年的上海，炮火撕裂了外滩的夜空。阿海蜷缩在弄堂的瓦砾堆里，怀里抱着阿秀的平安符。三天前，日军的轰炸机将渔村夷为平地，阿秀为了救一个被压在断梁下的孩童，用瘦弱的肩膀扛起混凝土块，直到土墙彻底坍塌。此刻，平安符上的金线在火光中泛着微光，像阿秀最后一次在晨光中对他笑时的模样——那时她正蹲在礁石上补渔网，海风掀起她的蓝布衫，露出腰间挂着的渔家女防身短刀。
“跟我们走吧。“穿灰布军装的年轻人递来一个窝窝头，“新四军在招兵，咱们一起打鬼子。“阿海攥紧平安符，想起货轮上阿秀塞给他平安符时说的“要做勇敢的人“。那时她还说：“渔女的刀，既能剖鱼，也能杀敌。“他抹去脸上的血污，站起身，跟着队伍走向硝烟深处，耳边仿佛还回荡着阿秀在废墟下对孩童说“别怕“时的坚定嗓音。
同一时刻，林砚书正在北平的四合院里为林砚铭换药。子弹留在他腹部的伤口已经结痂，窗外的梧桐叶在秋风中簌簌作响。“听说延安来了抗日纵队。“林砚铭望着墙上的地图，指尖划过长城的纹路，“我们该走了。“林砚书将绷带系紧，想起雨林中凤凰的砍刀声，更想起在南洋码头，那些为保护家人奋起反抗的渔家妇女。她忽然从抽屉里取出一把精钢匕首，刀柄上刻着“墨“字：“墨家的机关，不该只用来保命——这把刀，替我杀鬼子。“
上海码头，富商之子沈云舟正在焚烧地契。火焰舔舐着泛黄的纸张，他想起父亲临终前的话：“钱财是枷锁，家国才是根。“当他将最后一箱银元捐给抗日义勇军时，人群中走出一个戴草帽的汉子——阿海。两人对视一眼，阿海看见沈云舟腰间挂着的青铜罗盘，与锦瑟的那枚一模一样。
“跟我来。“沈云舟领着阿海来到码头仓库，二十几个青年正在组装机关弩。“这是林老爷资助的机关学堂工匠。“他拍拍阿海的肩膀，“用这些家伙，让鬼子尝尝墨家机关的厉害。“阿海抚摸着弩身上的凤凰浮雕，忽然听见仓库外传来难民的哭喊。
日军的巡逻队冲进码头，刺刀挑着婴孩的襁褓。阿海抄起机关弩，箭矢穿透三个鬼子的胸膛。沈云舟引爆事先埋下的火药，爆炸声中，仓库的大梁轰然倒塌，将日军困在废墟里。“撤！“沈云舟拽着阿海退向江边，子弹擦过阿海的耳畔，却击中沈云舟的左臂。他踉跄着摔倒，鲜血浸透了衬衫，却仍笑着将阿海推向渔船：“快走！我随后就到！“
北平的火车站，林砚书将一包草药塞进林砚铭的行囊。月台上，学生们举着“一寸山河一寸血“的标语，劳工们扛着弹药箱匆匆走过。“此去一别，不知何时再见。“林砚书的指尖划过林砚铭的伤口，那里有她亲手缝的凤凰图案。林砚铭握住她的手，目光坚定如铁：“待河山光复，我们在江南烟雨中重逢。“林砚书望着他登上火车，忽然转身走向相反方向——她看见几个女学生正在分发抗日传单，她们的裙摆沾满泥泞，眼神却亮如星火。
在太行山脉的抗日根据地，阿海正在教民兵使用机关弩。他的平安符挂在指挥所的土墙上，旁边贴着沈云舟手绘的战术地图。当日军的装甲车开进山谷时，阿海按下机关按钮，滚木礌石从山顶倾泻而下，伴随着民兵们的呐喊，山谷回荡着复仇的吼声。硝烟中，他看见一个十四五岁的渔家少女握着阿秀那样的短刀，正割断鬼子的电话线。
硝烟散尽，阿海蹲在战壕里，轻轻擦拭平安符上的血迹。他忽然听见远处传来熟悉的渔歌声，仿佛看见阿秀在霞光中向他招手。她的蓝布衫被鲜血染红，却依然站在废墟上，怀里护着获救的孩童。他站起身，将平安符重新系在颈间，望向连绵的群山——那里有无数像阿秀一样的女性，用生命点燃反抗的火种，她们的勇气，比任何机关术都更能摧毁黑暗。
此刻，锦瑟正在重庆的兵工厂里改良机关枪。她腕间的凤凰镯子与车床的齿轮共鸣，图纸上的机关兽渐渐化作保家卫国的利器。当她得知林氏兄弟投身延安、沈云舟在码头战斗中重伤却被渔民救起的消息时，忽然明白：墨家的火种，早已在千万人的血脉中熊熊燃烧。那些在战争中挺身而出的小人物，无论是渔家女的短刀、学生的传单，还是富商之子散尽家财的义举，都是这火种中最明亮的光。
1945年的胜利钟声敲响时，阿海站在渔村的废墟上，将平安符埋进阿秀的衣冠冢。海风掠过新栽的桃树，他仿佛又看见阿秀在桃花树下绣凤凰的模样。而在更远的地方，沈云舟正带着幸存的机关工匠重建学堂，林砚书与林砚铭沿着长江逆流而上，寻找墨家最后的机关秘境。他知道，阿秀的短刀、沈云舟的罗盘、渔家少女的勇气，都将化作守护山河的力量，让和平的晨光永远照耀着这片土地。